Berbeda dengan Pura Pulaki lokasi Pura Melanting agak ke dalam dan melintasi hutan-hutan kecil dan rumah-rumah penduduk di sepanjang perjalanan, letaknya pin agak sedikit lebih tinggi. Pura Dalem Melanting menjadi satu kesatuan dengan Pura Pulaki karena memiliki sejarah yang sama, keduanya terkait dengan kisah Danghyang Niarrtha.
Berdasarkan lontar Dwijendra Tattwa dan Babad Catur Brahmana, pendirian Pura Dalem Melanting terkait dengan peristiwa ketika Ida Ayu Swabhawa menerima ilmu keparamarthan dari Danghyang Nirartha yang dapat melepaskan atau mengakhiri dosa, sehingga Ida Ayu Swabhawa disebut “Dewi Melanting” atau “Bhatari Melanting”, serta ikut dalam perjalanan suci (tirthayatra) Danghyang Nirartha yang dilakukan pada masa pemerintahan Raja Dalem Waturenggong (1460-1552 M) di Bali.
Fungsi Pura Dalem Melanting yaitu sebagai tempat suci untuk memuja keagungan Sang Hyang Widhi Wasa , memuja Dewi Melanting untuk memohon anugerah kesuburan , kemakmuran dan keselametan. Pura Melanting mempunyai kedudukan sebagai Pura Kahyangan Jagat dan dipandang sebagai induk dari Pura Melanting yang pada umumnya terdapat di pasar di daerah Bali. Disinilah biasanya para pedagang memohon kelancaran dalam usaha mereka.